Materia Medica Batu didirikan sejak tahun 1960 oleh R.M. Santoso. Beliau juga merupakan salah satu pendiri Hortus Medicus Tawangmangu yang sekarang menjadi Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Tanaman Obat dan Obat Tradisional (B2P2TOOT) di Tawangmangu.
Awal berdirinya Materia Medica didasarkan atas hasil pengamatan beliau tentang tanaman obat di Indonesia yang tidak dapat dikoleksi pada satu daerah saja. Hal ini disebabkan oleh perbedaan daya adaptasi tanaman obat terhadap lingkungan maupun iklim.
Pengelolaan kebun percobaan Materia Medica Batu (MMB) dilakukan oleh Yayasan Farmasi bekerja sama dengan Dinas Kesehatan Provinsi Jawa Timur. Namun, R.M. Santoso meninggal dunia pada tahun 1963 sebelum kebun percobaan tersebut dapat dikelola dengan sempurna.
Sebagai upaya menjaga kelangsungan pengelolaan kebun percobaan MMB, Dr. Moedarsono (Inspektur Dinas Kesehatan Jawa Timur) menunjuk R. Suhendro (Kepala Dinas Perkebunan Rakyat Kabupaten Malang) sebagai pimpinan sementara kebun MMB. Masa jabatan R. Suhendro berlaku sampai MMB mendapat pimpinan yang baru.
Pada tahun 1964, Ir. N.V. Darmago terpilih sebagai pimpinan baru MMB. Kemudian pada tahun 1970 atas permohonan sendiri, N.V. Darmago meletakkan jabatan. Kemudian kepemimpinan MMB dipegang oleh Ir. Wahyu Soeprapto.
Pada pertengahan tahun 1970 terjadi perubahan status kepemilikan Materia Medica dari milik swasta menjadi milik pemerintah yaitu Dinas Kesehatan Daerah Provinsi Jawa Timur Direktorat Farmasi Jawa Timur. Setelah tahun 1978 dengan berfungsinya Direktorat Daerah Farmasi Jawa Timur menjadi Sub Balai Pengawasan Obat dan Makanan (POM), yang sekarang menjadi Balai Besar POM Surabaya, maka pengelolaan UPT Materia Medica Batu diserahkan kepada Dinas Kesehatan Propinsi Jawa Timur hingga sekarang.
Pada tahun 2001 sebagian lahan kosong milik Rumah Sakit Paru Batu (salah satu UPT Dinas Kesehatan Propinsi Jawa Timur) seluas 27.000 m2 diserahkan kepada UPT Materia Medica Batu untuk Unit Pelayanan Pengobatan dan Obat Asli Indonesia. Pada tahun 2004 di lahan tersebut dibangun sebuah gedung untuk pertemuan serta ruang makan dan dapur. Gedung tersebut dinamakan Graha Tapak Liman (merupakan kelengkapan salah satu wisata toga) yang telah dimanfaatkan untuk kegiatan Kongres POKJANAS TOI pada tanggal 15-16 Maret 2005, serta kegiatan-kegiatan lain.
Tahun 2005 -2009, MMB berada di bawah kepemimpinan Bibit Sugito, S.KM., M.Kes. yang kemudian dilanjutkan oleh Dr. Husin Rayesh Mallaleng, Apt., M.Kes.
Pada 11 Januari 2012, berdasarkan Surat kepala Dinas Kesehatan Provinsi Jawa Timur, Graha Tapak Liman diserahkan kembali pengelolaannya kepada Rumah Sakit Paru Batu.
Berdasarkan Surat Kepala Dinas Kesehatan Provinsi jawa Timur No.028/12489/101/2012 tertanggal 16 Oktober 2012, Materia Medica Batu mendapat ijin atau tugas untuk memanfaatkan dan mendayagunakan aset tanah kosong di Jalan Mojokerto No. 4 Malang dalam rangka pengembangan tanaman obat serta melakukan pengamanan pemeliharaan sebagai bentuk peningkatan tupoksi Dinas Kesehatan Provinsi Jawa Timur.
Selain berlokasi di Kota Batu maupun Malang, Materia Medica Batu juga memiliki lahan di Pasuruan. Awalnya pada tahun 1954, berdiri suatu instansi yang bernama Lembaga Makanan Rakyat (LMR). Lembaga ini merupakan Unit Pelaksana Teknis (UPT) yang berada di bawah naungan Dinas Kesehatan Propinsi Jawa Timur. Pada tahun 1997, LMR berganti nama menjadi Balai Latihan Gizi. Penggantian nama tidak mengubah tugas dan fungsi dari lembaga tersebut.
Sejalan dengan perkembangan otonomi daerah (otoda), oleh karena Balai Latihan Gizi tidak dapat berfungsi sebagaimana mestinya, maka Dinas Kesehatan Propinsi Jawa Timur menjadikan Balai Latihan Gizi Kejayan Pasuruan sebagai unit dari Materia Medica Batu guna menunjang program kegiatan Materia Medica ke depan. Balai Latihan Gizi Kejayan Pasuruan difungsikan sebagai Pusat Pelatihan Budidaya Tanaman Obat dan Sentra Pengadaan Bahan Baku Obat yang terstandarisasi di Jawa Timur. Pada masa sekarang, wilayah Kejayan Pasuruan dimanfaatkan sebagai lahan penanaman tanaman obat dan penghasil bahan baku obat tradisional bagi Materia Medica.
Pada tahun 2019, terbit Peraturan Gubernur Nomor 87 tahun 2019 tentang Perubahan Atas Pergub 104 tahun 2016. Peraturan tersebut membuat nomenklatur UPT MMB berubah menjadi UPT Laboratorium Herbal Materia Medica Batu yang mempunyai tugas melaksanakan sebagian tugas teknis Dinas Kesehatan Provinsi Jawa Timur di bidang pelayanan laboratorium herbal serta pengembangan tanaman obat dan obat tradisionai, serta tugas ketatausahaan dan pelayanan masyarakat.
Pada tahun 2019, Dr. Husin Rayesh Mallaleng, Apt., M.Kes. purna tugas, dan di tahun 2020, UPT Laboratorium Herbal Materia Medica Batu berada di bawah kepemimpinan Achmad Mabrur, S.KM., M.Kes.
Tahun 2021, UPT Laboratorium Herbal Materia Medica Batu mendapatkan aset berupa tanah dan bangunan di Jalan Kolonel Sugiono No. 457 dan 459 Gadang Malang, yang sebelumnya dikelola oleh RSUD Dr. Saiful Anwar Malang. Sedangkan aset berupa tanah milik UPT Laboratorium Herbal Materia Medica Batu yang berada di Jalan Mojokerto No. 4 Malang diserahkan kepada RSUD Dr. Saiful Anwar Malang untuk dikelola.
